「オレに解けないパズルはねぇ！」
パズルが大好きな高校生・大門カイトは、ある日、幼なじみで同級生の少女・ノノハとともに、学園近くの地下遺跡に隠された「解けない迷路」に挑む。それは謎の頭脳集団・【POG】が作り出し、挑戦者の命を奪うワナがいくつも仕掛けられた【賢者のパズル】だった。
その地下迷路には、【オルペウスの腕輪】という「財」が封じられていた。腕輪を手に入れたカイトは、世界のどこかにある【神のパズル】を解くことができる存在=【ファイ・ブレイン】の候補者として認められ、【アインシュタインの称号】を受ける。それは、POG との賢者のパズルをめぐる長い戦いの始まりでもあった。カイトとノノハ、そして2 人の周りに集うファイ・ブレインの候補者、ギャモン、キュービック、アナたちは、果たしてPOG との命がけのパズル・バトルを勝ち抜き、ファイ・ブレインと神のパズルの謎を解き明かすことができるか？
第1シリーズ
√（ルート）学園に通う、パズル解きに天賦の才を持つ高校生・大門カイトは、幼なじみの井藤ノノハと共にひょんな事から賢者のパズルのひとつに挑戦することになり、そこに封じられていた「財」“オルペウスの腕輪”を手に入れた。それがきっかけで彼は望まずにして、“神のパズル”を解き、究極の「財」を手に入れることのできる唯一の存在“ファイ・ブレイン”の候補となってしまう。
腕輪と共に“アインシュタイン”の称号を得たカイトは、ノノハや称号を持つ学園の仲間たちと親交を深めながら、次々と難易度の高いパズルを繰り出してくる秘密組織“POG”の刺客（ギヴァー）を倒していくが、最後に立ちはだかったのは、カイトをライバル視している逆之上ギャモンと、幼い頃のカイトと縁を持つPOGのトップ的存在・ルーク・盤城・クロスフィールドだった。
カイトはパズルバトルに勝利し続けたことで究極に高まったオルペウスの腕輪の効果による“破滅の未来”のビジョンに苦しむが、仲間たちとの“絆”の力によってビジョンの呪縛から解き放たれ、激しいパズルバトルの果てにギャモンやルークとの因縁に決着を付けた。
第1話 迷宮にひそむ契約
√（ルート）学園高等部１年生・大門カイトは、ミノタウロスという謎のギヴァー（出題者）から「賢者のパズル」への招待状を受け取る。解くのに失敗すれば死ぬかもしれない、危険な賢者のパズル。そんなパズルを放っておけないカイトは、ノノハとともに遺跡の地下に眠る巨大な迷路に挑戦する。